En 1964, on supprime les frais de scolarité pour les 9e et 10e années grâce à une entente de cinq ans entre le Conseil scolaire et le Collège Notre-Dame, le Collège du Sacré-Coeur, le Marymount College et le Saint-Charles College.

En 1967, plus de 10 000 élèves étaient inscrits dans les écoles dirigées par le conseil des écoles séparées catholiques. Le gouvernement ontarien a mandaté le conseil d'embaucher ses propres inspecteurs scolaires, que l'on nomme maintenant surintendants. Les surintendants sont nommés par le Conseil et on rénove l'ancienne école Saint-Thomas pour qu'elle puisse servir de siège administratif.

En 1968, les prêtres jésuites ferment le Collège du Sacré-Coeur et ils consentent à vendre le bâtiment au Conseil scolaire. Le Cambrian College loue ce bâtiment pendant environ 12 ans avant qu'on le transforme en une école pour garçons de 9e et 10e années.

• Les fusions et les divisions