Au cours des années 1920, un conflit divise la religion baptiste. La communauté baptiste de Sudbury fait partie de la Baptist Convention of Ontario and Quebec. L'organisme est très divisé quant aux enseignements théologiques à l'Université McMaster, un établissement appuyé par la religion baptiste. Un révérend baptiste haut placé est d'avis que les enseignements d'un des professeurs de l'Université constituent de la théologie libérale. Cela déclenche un débat intense et la division de la religion.

En 1928, un groupe de croyants aux vues similaires quitte la « convention » et crée la Union of Regular Baptists, tandis qu'un autre groupe de baptistes se distancie de la « convention » et crée le Fellowship of Independent Baptists. Cela entraîne la création des trois sectes baptistes en Ontario.

Sudbury subit l'impact en 1926 alors que le révérend Munroe est en fonction. Les baptistes de Sudbury appuient le point de vue extrémiste et refusent d'appuyer l'Université McMaster jusqu'à ce que le professeur en question soit destitué. Quand la division des baptistes a lieu, en 1928, la congrégation de Sudbury change de point de vue et appuie la « convention » baptiste et les enseignements de l'Université McMaster.

En 1931, la paroisse baptiste de Sudbury accueille un nouveau ministre, le révérend Leyland Gregory, un diplômé de l'Université McMaster. À son arrivée, tout semble bien aller dans la paroisse. Toutefois, en 1936, le trésorier de la paroisse démissionne subitement et quitte l'Église. Il commence à fréquenter celle de la Union of Regular Baptists (qui avait été fondée à Sudbury sous la direction de J. R. Boyd à cette époque), parce que les enseignements de celle-ci correspondent davantage à ses croyances. Les autres paroissiens de la Sudbury Baptists Parish ne tardent pas à suivre le trésorier et se joignent à la Union of Regular Baptists. Cet évènement déclenche un conflit entre les deux Églises, qui dure pendant de nombreuses années.

En 1938, le révérend Gregory avait quitté l'Église de Sudbury, et c'est le révérend W. J. Macdonald qui le remplace. Le révérend Macdonald entreprend la tâche énorme de régler le conflit. Ses efforts pour ramener les membres ayant quitté la paroisse sont couronnés de succès. Sous sa tutelle, le nombre de paroisiens augmente et l'hypothèque est acquittée. Le 4 juin 1940, on brûle le contrat hypothécaire au cours d'une cérémonie spéciale.

En 1939, la Sudbury Baptist Church adopte le nom de First Baptist Church, afin de tenir compte de sa position historique dans la communauté de Sudbury.

Aujourd'hui, il y a toujours deux sectes baptistes à Sudbury.

Information compilée à partir de The Religious Tradition in Sudbury: 1883-1983.